Расположен ВНИИМК в административном центре Кубани — городе Краснодаре.
В настоящее время ВНИИМК является крупным научным учреждением, включающим кроме центральной экспериментальной базы пять опытных станций: Донскую, Сибирскую, Армавирскую, Вознесенскую, Алексеевскую и опытно-семеноводческое хозяйство «Березанское».
Общая площадь сельхозугодий системы ВНИИМК — 29,0 тыс. га, в т.ч. 27,5 тыс. га пашни.
В институте и подчиненных ему структурных единицах трудится 1525 человек, в т.ч. в сфере науки 336 человек, из них 188 научных сотрудников, в т.ч. 21 доктор и 62 кандидата наук.
Научные исследования института носят комплексный характер. Основными направлениями его деятельности являются: селекция и семеноводство масличных и эфиромасличных культур, разработка технологий и средств механизации для их возделывания, послеуборочной обработки семян.
Институт и его опытная сеть осуществляют первичное и промышленное семеноводство районированных и перспективных гибридов и сортов собственной селекции, ежегодно производят 6-8 тыс. тонн семян, в том числе около 5 тыс. тонн семян гибридов и сортов подсолнечника.